秘境宝箱的收集需要结合地形探索、机关解谜和战斗技巧。进入秘境后，首先观察周围环境，多数宝箱隐藏在非主线路径或需要解谜的区域，例如蒙德和璃月的秘境中，部分宝箱位于木箱后方、高台边缘或远距离木板平台，需借助岩主或温蒂的技能攀爬或飞行。部分秘境如华清归藏密宫的宝箱位置极为隐蔽，需通过特定角度飞行才能抵达。
战斗是获取宝箱的关键环节，尤其是愚人众、丘丘人或史莱姆镇守的宝箱。建议优先清理敌人再解谜，例如主线秘境中需击败房间内的愚人众才能旋转机关开启通道。部分宝箱需完成多轮战斗，如玛拉妮传说任务秘境需连续击败三波火史莱姆才能触发后续宝箱线索。注意利用元素反应和角色技能提高战斗效率，避免因战斗拖延影响解谜节奏。
机关解谜是秘境宝箱的核心机制，通常涉及旋转、连线或星象调整。例如星纬殿堂秘境需根据墙面图案旋转地面机关三次，而亡者之城需踩踏圆形机关改变星空图案。部分机关需多次交互，如主线秘境中需将房间外机关旋转六次才能开启最终宝箱。建议解谜时优先观察环境提示（如天花板图案或符文标记），避免盲目操作。
四叶印、风场和升降机是常见辅助工具，例如借助四叶印飞越断层或攀爬补丁管道；莫娜秘境中需沿星光大道抵达隐藏平台。注意电梯类机关具有周期性，如主线秘境中需等待飘浮电梯到达特定位置再乘坐。若宝箱位于多层结构内，建议优先激活风场或楼梯机关以解锁垂直路径。
部分传说任务秘境（如玛拉妮任务）的宝箱仅在任务期间开放，错过无法再次获取。建议在任务推进时同步探索，避免因剧情完结导致区域关闭。部分秘境宝箱需按固定顺序解锁，例如主线秘境中需先获取第一个宝箱才能开启左侧大门。若遇到卡关，可重新检查已通过区域的机关是否遗漏交互步骤。
